祥波书院的院徽由图案和文字组成，文字包括院名“祥波”和院训“博学慎思 弘毅致远”，为中国工程院院士、香港中文大学（深圳）校长徐扬生教授亲笔题词。

院徽图案为海鸥展翅翱翔之景。海鸥象征和平、平安，呼应祥波书院的“祥”字；海鸥常飞翔于波澜壮阔的海面之景，亦呼应祥波书院的“波”字。对于海员来说，看到海鸥就意味着安全抵达岸边。书院之于莘莘学子，如海岸之于海员，书院是学生温馨的港湾和归属；同时，海鸥的形象也具有搏击长空，坚韧不拔的寓意，是院训“博学慎思 弘毅致远”所蕴含的书院精神的生动表现；海鸥羽毛晶莹洁白，身姿健美，惹人喜爱，也是理想的书院吉祥物首选。

院徽由蓝、白、金三种颜色组成。蓝色和白色为书院院色。白色象征圣洁的祥云，呼应院名“祥”字；蓝色象征波澜壮阔的大海，呼应院名“波”字。金色的院徽外框型似运动场上的跑道，蕴含书院致力于发展体育特色的使命，也寓意书院的创立为广大祥波学子未来的成长铺就金色大道。“祥风时雨，波澜壮阔”寓意祥波学子今日在校刻苦用功，潜心修炼，将来厚积薄发，在波澜壮阔的世界大展宏图。